Trực Ninh là phần phía nam huyện Nam Chân xưa. Huyện Nam Chân là một trong 4 huyện thuộc phủ Thiên Trường (phủ này được đặt từ thời nhà Trần, thời thuộc Minh đổi thành phủ Phụng Hoá, thời nhà Lê lấy lại tên cũ Thiên Trường, đến năm 1682 thời Lê Trung hưng đổi thành Nam Chân. Năm Minh Mạng thứ 14 (1833) chia huyện Nam Chân thành hai huyện Nam Chân và Chân Ninh. Thời vua Tự Đức đổi làm Xuân Trường. Thời Thành Thái đổi Chân Ninh thành Trực Ninh.

Khi mới thành lập (1833) huyện Chân Ninh gồm 6 tổng của huyện Nam Chân cũ (trước năm 1833) (Duyên Hựng Hạ, Kim Giả, Phương Để, Quần Lãng, Thần Khê, Trung Lao) và tổng Ninh Nhất mới hình thành, tương đương với huyện Trực Ninh và một phần phía tây huyện Hải Hậu ngày nay. Thời Tự Đức gồm 7 tổng, 62 xã, thôn, trang; cuối thế kỷ 19 còn 52 xã, thôn do cắt một số xã lập huyện Hải Hậu. Đầu thế kỷ 20 huyện Trực Ninh gồm 7 tổng với 53 xã, thôn.

Danh sách các tổng thuộc huyện Trực Ninh vào đầu thế kỷ 19 và đầu thế kỷ 20 như sau: Duyên Hưng Hạ, Giả Thượng, Kim Giả, Ngọc Giả, Ninh Cường, Phương Để, Quần Lãng, Thần Khê.

Sau Cách mạng Tháng Tám, huyện Trực Ninh ra đời với hàng loạt các xã mới trên cơ sở sáp nhập nhiều xã, làng cũ đồng thời đặt tên mới.

Ngày 25 tháng 4 năm 1961, sáp nhập xã Trực Hòa vào huyện Nghĩa Hưng và đổi tên thành xã Nghĩa Hiệp.[3]

Ngày 26 tháng 3 năm 1968, sáp nhập 7 xã: Trực Thái, Trực Phú, Trực Đại, Trực Hùng, Trực Cường, Trực Tiến và Trực Thắng của huyện Trực Ninh vào huyện Hải Hậu, sáp nhập hai huyện Trực Ninh và Nam Trực thành huyện Nam Ninh.[4]

Ngày 27 tháng 8 năm 1971, hợp nhất xã Trực Liêm và xã Trực Hải thành một xã lấy tên là xã Liêm Hải.

Ngày 23 tháng 2 năm 1974, sáp nhập xóm Đồng Nghè của xã Trực Tuấn vào xã Trực Đông, sáp nhập xóm Đại Nội của xã Trực Tuấn vào xã Trực Cát.[5]

Ngày 18 tháng 12 năm 1976, hợp nhất xã Trực Trung và xã Trực Đông thành một xã lấy tên là xã Trung Đông, sáp nhập xã Trực Tiến vào xã Trực Đại.

Ngày 23 tháng 2 năm 1977, hợp nhất xã Trực Bình và xã Trực Tĩnh thành một xã lấy tên là xã Việt Hùng.[6]

Ngày 27 tháng 3 năm 1978, hợp nhất xã Trực Cát và xã Trực Thành thành một xã lấy tên là xã Cát Thành; hợp nhất xã Trực Phương và xã Trực Định thành một xã lấy tên là xã Phương Định; hợp nhất xã Trực Chính và xã Trực Nghĩa thành một xã lấy tên là xã Chính Nghĩa.

Ngày 10 tháng 1 năm 1984, chia xã Chính Nghĩa thành 2 đơn vị hành chính lấy tên là xã Trực Chính và thị trấn Cổ Lễ (xã Trực Nghĩa cũ).[7]

Ngày 1 tháng 4 năm 1997, huyện Nam Ninh lại tách ra thành hai huyện Nam Trực và Trực Ninh theo Nghị định 19-CP, đồng thời, chuyển các xã đã sáp nhập vào huyện Hải Hậu trở lại huyện Trực Ninh. Huyện Trực Ninh thuộc tỉnh Nam Định.

Ngày 31 tháng 3 năm 2006, chuyển xã Cát Thành thành thị trấn Cát Thành.

Ngày 13 tháng 12 năm 2017, chuyển xã Trực Phú thành thị trấn Ninh Cường.

Huyện Trực Ninh có 3 thị trấn và 18 xã như hiện nay. Huyện Trực Ninh được Thủ tướng Chính phủ Công nhận đạt chuẩn Nông thôn mới năm 2017, theo Quyết định số 196/QĐ-TTg ngày 09/02/2018.